Par une compilation des vestiges, des descriptions d'Abry d'Arcier et Rousset et des plans du XVIIIe siècle, nous proposons un essai de restitution du site d'Arlay au milieu du XIVe siècle, avant les premiers
remaniements du XVe siècle. L'essentiel du bourg dessus a été reconstitué même s'il devait comporter plus d'habitations (nobles et bourgeoises) que dans notre proposition, dont il ne reste aucune trace hormis une gentilhommière
construite à la fin du XVIIIe siècle avec les restes épars des maisons antérieures. Le bourg dessous reprend pour l'essentiel l'organisation des maisons telle qu'elle apparait sur les plans du XVIIIe. Construites pour la plupart
à flanc de coteau sur des terrasses aménagées par murs de soutènement, les habitations étaient vraisemblablement constituées de pans de bois et de couvertures en bardeaux (ou chaume) à l'époque médiévale.
Les portes, tours et murs d'enceinte ont été restitués à l'aide des indications figurant sur les plans anciens, complétées par les descriptions d'Abry d'Arcier, en tenant compte de la configuration du terrain, des
routes et des chemins avant l'établissement du parc du château à la fin du XVIIIe siècle.